Botulinum toksininin sistemik bir yan etkisi bulunmamıştır, fakat çok nadiren de olsa -her enjeksiyonda olduğu gibi- toksine karşı bir aşırı duyarlılık reaksiyonu gelişebileceği akılda bulundurulmalıdır.

En sık görülen yan etkisi enjeksiyon yerinde görülen yanma hissi, ödem, morarma ve şişlikdir. Bunlarda kısa sürede ortadan kaybolur.

Bazı hastalar başağrısından yakınırlar. Baş ağrısı -olursa- genellikle 2-3 saatte kendiliğinden düzelir. Baş ağrısı uygun enjeksiyon tekniği uygulanmazsa oluşan bir sorundur, enjeksiyonu yapan kişi uygun teknikle çalışıyorsa başağrısı olmaz.

Toksin, hamilelere, süt verenlere ve Myastenia Gravis gibi nörolojik hastalıkları olan kişilere yapılmamalıdır. Bilinçsiz yapılan enjeksiyonlar sonucu üst gözkapağında düşme yada -dudak çevresinde derine yapıldıysa- dudak hareketlerinde bozulmaya yol açabilir.

Vakaların sadece 1-2%’sinde üst gözkapaklarında düşme olduğu bildirilmektedir. Üst gözkapaklarında düşme eğer olursa 2-3 hafta içinde kendiliğinden düzelir. Etkinin geçici olduğu da akıldan çıkarılmamalıdır. Üst dudağın yukarısında kalan alanlara yapıldığında son derece güvenlidir. Bu seviyenin altındaki bölgelere -dudaklar çevresine- dudak hareketlerini geçici olarak bozabileceği için son derece dikkatli yapılması önerilir.